La certificación orgánica es una actividad fundamental si se quiere comercializar café bajo esta denominación. El productor deberá comprender que para lograr esto, no solo basta la ejecución de actividades agrícolas en la finca. Igual o más importante es la verificación del cumplimiento de la norma y, para esto, se vigilan dos aspectos.

El aseguramiento de la integridad orgánica del producto, con pruebas documentadas y acciones físicas que demuestren que en todas las etapas de la recolección, transporte, procesamiento y almacenamiento de café orgánico, el producto no entró en contacto con alguna fuente que lo contaminara. Esta actividad toma mayor rigor en los momentos en que el productor cuenta con producción paralela, es decir, que además de la producción de café orgánico, posee otro cultivo (sea café u otro rubro) manejado convencionalmente.

Se procura es evitar el contacto del producto con algún elemento que altere su propiedad orgánica, las auditorias de trayectoria sirven para rastrear el producto desde el origen (finca) hasta su destino final y viceversa. Estas auditorias sirven para evitar los fraudes por sobre oferta y para identificar el momento, lugar y responsables donde se pudieran presentar problemas de contaminación del producto. Lo anterior, con el propósito de no afectar a todos los involucrados de la cadena comercial del producto orgánico.

Las empresas certificadoras ofrecen una opción de certificación para pequeños productores organizados (p. ej. Cooperativas), siempre y cuando exista, dentro de la organización, un mecanismo de monitoreo y evaluación que asegure el cumplimiento de la norma de todos los asociados. A este mecanismo se le conoce como sistema interno de control.

El Sistema de control interno (SIC) es el implementado por el grupo comunitario de productores (o cooperativa) para documentar, monitorear y controlar las actividades que realizan los diferentes órganos de la cooperativa y sus asociados. Define inspectores internos y comités de evaluación -ambos conforman el comité orgánico-, quienes soportan sus decisiones a través de una administración y base documental.